Návrh na založení muzejního spolku a muzea v Pelhřimově byl schválen zastupitelstvem 11. září 1901. Koncem roku 1907 byla zpřístupněna první výstava ve třech místnostech bývalého zámku pánů z Říčan. Postupně se sbírky začaly rozrůstat a s tím začaly vznikat i nové stálé expozice. V roce 2003 se z muzea stala příspěvková organizace zřizována krajem Vysočina.
Stálé expozice:
ZÁMEK PÁNŮ Z ŘÍČAN
První písemná zmínka o pelhřimovském zámku se váže k roku 1550, kdy Adam Říčanský z Říčan nechal zbourat dva měšťanské domy na náměstí stojící vedle čp. 13, aby tak polohou svého nově budovaného sídla naznačil svůj odstup od městských obyvatel. Do té doby nebylo v Pelhřimově žádné vrchnostenské sídlo ani radnice.
Po požáru roku 1561 byl zámek přestavěn. Další přestavba proběhla v letech 1565 – 1572, už po vykoupení města z poddanství, kdy Říčanští zámek opustili. Zámek zůstal prázdný až do roku 1582, kdy sem bylo přestěhováno sídlo městské rady, jíž do té doby jako radnice sloužil dům čp. 80.
Po dalším požáru o sto let později byl zámek přebudován s ohledem na potřeby městské rady, tehdy byla přistavěna budova věznice. Obrovský požár v roce 1766 zničil z valné části i budovu zámku. Rekonstrukce byla velmi nákladná a trvala až do roku 1770. Finanční těžkosti provázely celou přestavbu, nakonec se ji však podařilo dokončit a zámek získal podobu, v jaké ho známe dnes. Radní zde zasedali až do roku 1849, kdy do zámku přesídlil c. k. okresní soud.
Změna funkce objektu změnila také jeho průčelí. Na fasádě se objevil štukový císařský znak jako znamení sídla c. k. soudu. Pískovcové sochy Ochrany a Spravedlnosti, původně stojící na balkóně, který se táhl přes celé první patro, byly pro jeho zchátralost sejmuty a po stržení balkónu přemístěny do výklenků v přízemí zámku.
Poté, co byla pro okresní soud postavena samostatná budova, bylo pro zámek hledáno nové uplatnění a městská rada jej od roku 1908 propůjčila Muzejnímu spolku k umístění sbírek. Na činnost Muzejního spolku navázalo po převratu 1948 Vlastivědné muzeum, později Okresní muzeum, a nyní zde sídlí Muzeum Vysočiny Pelhřimov.
V dolních klenutých prostorách zámku bývala konírna, později obecní váha, hasičská zbrojnice, konzervátorská dílna a dnes jsou tyto místnosti využívány jako výstavní síň. Nejvýznamnější a nejkrásnější prostorou zámku je freskový sál, původně tabulnice pánů z Říčan.
HISTORICKÁ EXPOZICE
Pelhřimovsko ve středověku
V této části expozice si mohou návštěvníci prohlédnout nejstarší předměty ze sbírek muzea, jedná se o Pelhřimovský graduál z konce 15. století, pozdně gotickou sochu Madony z Červené Řečice a městské pokladnice z konce 18. století.
Společenský život
V Pelhřimově v 19. století V této tematický nainstalované místnosti si mohou návštěvníci muzea prohlédnout téměř 135 let starý dort, zbraně, devocionálie, porcelán, sklo, keramiku a rozměrný obraz „Zachránění Romula a Rema“. Z místnosti lze také nahlédnout do stylizovaného pokoje, který je vybaven v moderním měšťanském stylu 19. století.
Freskový sál
Stěny a strop tohoto sálu, který sloužil jako jídelna, radní a soudní síň, jsou pokryty freskami, jejich autorem je Jan Jakub Quirin Jahn (1739–1802). Na stěnách jsou zobrazeny dva biblické výjevy – příběh Josefa Egyptského a Šalamounův soud. Postraní fresky vyobrazují čtyři teologické a čtyři světské ctnosti: víra, naděje, láska a nevinnost, spravedlnost, prozíravost, udatnost a umírněnost.
OTEC A SYN ŠEJNOSTOVÉ
Expozice "Josef a Zdeněk Šejnostovi"
Muzeum Vysočiny Pelhřimov spravuje rozsáhlou sbírku medailí, plaket, plastik, modelů a kreseb z dílny významného českého sochaře-medailéra Josefa Šejnosta (rodáka z Těšenova pod Křemešníkem). Po získání podstatné části pozůstalosti akademického sochaře Josefa Šejnosta a jeho syna akademického sochaře Zdeňka Šejnosta Muzeum Vysočiny Pelhřimov vybudovalo v roce 2005 nové a skutečně reprezentativní expozice těchto umělců. Podle vypracovaného plánu a rozpočtu této expozice bylo přistoupeno k postupné realizaci expozice ve třech místnostech zámku Říčanských z Říčan.
Expozice "Městská šatlava"
Tato expozice je koncipována jako historická, kdy se vycházelo z autenticity místa a bohatého pramenného materiálu. Městská věznice je v těchto místech doložena od 16. století (její nejstarší část
v bývalé baště-věži). V čísle popisném 11, tedy bývalé městské šatlavě, je zpřístupněno nádvoří, cela, mučírna
a vězeňská kaple. Ústředním místem "šatlavy" je mučírna v bývalé baště, zařízená přesnými a věrohodnými kopiemi mučícího nástroje - skřipce a pulpitu (stolku pro písaře). Unikátní je bývalá vězeňská kaple, zařízená prostým oltářem, krucifixem a liturgickými artefakty. Vlastní "loď" kaple má instalovánu malou expozici liturgických potřeb a textilií. Výstavba této expozice bude pokračovat pořízením přesných replik dalších mučících nástrojů.
Domeček F. B. Vaňka
V roce 1907 se stal pelhřimovským děkanem František B. Vaněk, velký příznivec umění, který se znal s řadou uměleckých osobností. Vaněk začal systematicky obnovovat a zkrášlovat dosud zanedbávanou zahradu, ze které postupně vytvořil zelenou oázu uprostřed města a která se stala jeho velkou chloubou.
K obnovení zahradního domku došlo až v roce 1932. Vaněk nechtěl stavbou zatěžovat obec, a protože mu tato povinnost byla stále připomínána z českobudějovického biskupství, rozhodl se prodat děkanské pole za městským špýcharem a z výtěžku prodeje financovat stavbu.
Stavba nového domku byla zadána architektu Karlu Pecánkovi z památkového úřadu. Úřední kolaudace nové stavby v děkanské zahradě proběhla 27. února 1934 za účasti zástupců města i přifařených obcí. Děkan Vaněk přítomným oznámil, že náklady na stavbu převzal sám, jakož i náklady s další údržbou stavby. Pelhřimovský starosta Josef Hrubant poděkoval děkanu Vaňkovi za velkorysost, se kterou ušetřil městu náklady. Monsignor František Bernard Vaněk z domku a překrásně pěstěné zahrady vybudoval klidné zázemí pro svou duchovní i publicistickou činnost. Zde vznikal jeho slavný román Na krásné samotě, zde připravoval jednotlivá čísla časopisu pro duchovenstvo Kazatelna. V horním patře domku, které je opatřeno dřevěným ochozem, zařídil světničku s lidovým nábytkem a předměty lidového výtvarného umění (Vaněk byl známý jako sběratel lidového umění). 1. dubna 1943 zemřel vlastenecký kněz F. B. Vaněk v německém koncentračním táboře Dachau a po skončení 2. světové války přešla Děkanská zahrada i s domkem do majetku státu a později města Pelhřimova.
