Počátky snah o založení berounského muzea sahají do 80. let 19. století, za oficiální letopočet založení je považován rok 1892. Muzejní sbírky byly velmi obohaceny v roce 1895, kdy po skončení národopisné výstavy v Praze většina majitelů z berounského okresu věnovala vystavené předměty muzeu. Muzeum v průběhu své existence sídlilo v různých objektech.
Činnost muzea byla pozastavena během obou světových válek. V roce 1954 bylo Městské museum v Berouně přeměněno na Okresní museum v Berouně s klasickým vlastivědným zaměřením. V roce 1965 bylo pro muzeum uvolněno 1. patro Jenštejnského domu čp. 87 na dnešním Husově náměstí (v přízemí sídlilo železářství) a první stálá muzejní expozice v Jenštejnském domě byla slavnostně otevřena v srpnu 1968. V červenci 1986 získalo muzeum sousední měšťanský dům čp. 88. Od roku 1992 na základě nájemní smlouvy s městem Berounem provozuje vlastní expozice v Horní (Plzeňské) bráně, která byla nedílnou součástí městského opevnění vybudovaného na přelomu 13. a 14. století.
V roce 1993 vstoupilo v platnost rozhodnutí přednosty Okresního úřadu v Berouně o vzniku Muzea Českého krasu v Berouně.
V roce 2002 byla vybudována a v roce 2003 zpřístupněna exteriérová expozice na muzejním dvoře Geopark Barrandien.
Muzeum Českého krasu je svým zaměřením regionální muzeum s dlouholetou tradicí zřizované Středočeským krajem. Oblast zájmu Muzea Českého krasu se nalézá v okruhu cca 30 km od města Berouna.
Jedná se o různorodý, krajinářsky i esteticky cenný region. Český kras je území tvořené převážně prvohorními usazeninami (vápenci, břidlicemi) s četnými krasovými jevy, včetně jeskyní, patřícími k největším v Čechách. V oblasti se nalézá velké množství cenných geologických lokalit a světově významných nalezišť zkamenělin.
Kromě samotného Českého krasu spadá do působnosti muzea i část Křivoklátska a sever Podbrdska. Nesporné přírodní hodnoty se v regionu setkávají s hodnotami historickými - středověké hrady, kláštery a archeologická naleziště jsou jen v těsném sousedství s centry průmyslové revoluce i českého národního obrození.
Muzeum Českého krasu patří k těm institucím, jejichž budovy jsou obdobně historicky hodnotné jako mnohé vystavované exponáty i uložené sbírkové předměty. Sídlem muzea jsou dva honosné měšťanské domy, zevnitř propojené v jeden organický celek. Starší z nich, Jenštejnský, získal jméno po svém stavebníkovi Jindřichu Čížkovi z Jenštejna, zemřelém v roce 1628. Původně renesanční budova prošla barokní přestavbou, kterou si drží dodnes. Její vzhled zůstal nezměněn i v těch dobách, kdy zde rodina Roubíčkových provozovala věhlasný obchod s železářským zbožím. Busta dirigenta Václava Talicha od akademického sochaře Karla Kuneše proto shlíží na touž renesanční podlahu z bílých vápencových desek, po níž se počátkem 17. století procházel Jindřich Čížek.
Sbírkový fond MČK obsahuje více než 120 tis. evidenčních čísel sbírkových předmětů ve 3 sbírkách a 30 podsbírkách.
Muzeum Českého krasu disponuje kromě toho také sbírkovým knihovním fondem zapsaným v CES dle zákona č. 122/2000 Sb. jako jednotlivé podsbírky Berounské a Žebrácké sbírky i nesbírkovým knihovním fondem evidovaným jako veřejná knihovna pod siglou BEE001.
V současnosti Muzeum Českého krasu v Jenštejnském domě v Berouně nabízí návštěvníkům celkem 8 stálých expozic:
Živá příroda Českého krasu
Geologicko-paleontologická expozice
Jeskyně a jeskyňáři v Českém krasu
Z dějin města Berouna
Zbraně na Berounsku v 18. a 19. století
Až do předsíně nebes
Měšťanský pokoj
Etnografická expozice
V Berouně je dále k vidění Geopark Barrandien - unikátní expozice pod širým nebem s rozlohou 340 m2. Hlavním posláním expozice je seznámení se s dramatickou geologickou minulostí Země a oblasti tzv. Barrandienu, a to i pro naprosté laiky. Muzeum dále provozuje Plzeňskou bránu, která je v majetku města Berouna. Na bráně se nalézá komorní expozice věnovaná městskému opevnění a historickým městským privilegiím.
